Formation 2017-06

Publication de données biologiques

A Québec, le mercredi 24 mai 2017

Université Laval, Pavillon Desjardins-Pollack,
Salle POL-3105
Stationnement souterrain payant
Dîner  (non inclus dans le prix de la formation) :
au restaurant du pavillon ou apporter un lunch

Formation théorique et pratique, de 9h30 à 16h00

Types de professionnels visés : il s’agit d’une formation qui s'adresse aux biologistes (incluant les étudiants) et les gestionnaire de données biologiques.

Apporter un ordinateur portable et une banque de données : les participants pourront travailler sur leurs propres données et commencer les premières étapes de publication de celles-ci sur la plateforme Canadensys. Une banque de données sera également fournie.

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Objectifs de la formation

Cette formation a pour but de familiariser les biologistes aux outils utilisés lors de la publication de données biologiques sur Canadensys et GBIF (Global Biodiversity Information Facility). Les études d’inventaire génèrent chaque année de nombreux jeux de données de biodiversité. Ces jeux de données sont individuellement riches en information mais sont, le plus souvent, partagés à une audience restreinte. Or, des outils existent afin de pouvoir publier ces données en ligne, permettant ainsi de les rendre disponibles à un plus grand nombre et de les combiner avec d’autres jeux de données. Cette agrégation permet à la fois une visualisation plus vaste et plus précise de la biodiversité.

Formateur et formatrice

La formation est offerte par Canadensys, organisme sans but lucratif ayant pour objectif de rendre disponible en ligne les données biologiques des collections et organisations Canadiennes. Canadensys permet la publication et la visualisation des données, ainsi que la publication vers GBIF, qui permet une exploration des données à l’échelle mondiale. Carole Sinou est détentrice d’un doctorat en Sciences Biologiques de l’Université de Montréal. Sa spécialisation : la phylogénie d’un petit groupe de la famille des Légumineuses. Elle a acquis une solide base en informatique de la biodiversité lors de son passage à Canadensys en 2012 et au cours de son doctorat. Elle est actuellement agente de recherche pour Canadensys. Jérémy Goimard a un double profil d’agronome et d’informaticien. Il a travaillé comme ingénieur de recherche dans le domaine des fibres naturelles pendant plus de 10 ans (notamment pour le Conseil National de Recherche Canada). Il est détenteur d’un DESS en bioinformatique et d’une maîtrise en informatique de l’UQAM. Il est actuellement informaticien pour Canadensys.

Formation en salle 

9h30-11h : présentation théorique
11h-12h : 1ère partie atelier
12h-13h : lunch
13h-16h : 2ème partie atelier

Présentation (1h30) :

• Canadensys et GBIF
• Pourquoi est-ce important de publier les données biologiques ?
• Types de données publiées et standards utilisés (DarwinCore)
• Licences utilisées pour la publication
• Outils de préparation et de nettoyage des données
• Outils de publication des données
• Outils de visualisation des données

Atelier (4h) :

• Préparation des données
  • Standardisation des données au format DarwinCore (mapping)
  • Outils de géoréférencement et de nettoyage des dates
  • Open-Refine
• Publication
  • Création d’un compte sur Canadensys
  • Métadonnées
  • Ajout de données
• Visualisation et applications potentielles
  • Canadensys Explorer
  • Canadensys 2.0
  • Vascan
  • GBIF

Compétences acquises lors de la formation

Le participant ayant suivi la formation pourra :

• Publier des données biologiques en ligne, via Canadensys.
• Utiliser les outils de préparation et nettoyage des données.
• Utiliser les données déjà disponibles pour effectuer des analyses (abondance d’espèces, suivi d’espèce envahissantes).
• Il connaitra les standards de la publication des données biologiques, les intervenants-clés et les outils disponibles.

Documents de formation

• La présentation Power point sera distribuée par courriel aux participants;
• Une banque de données pour démonstration
• Chaque participant est invité à préparer à l’avance un jeu de données avec une cinquantaine  d’entrées (jeux de données typique sur lequel il aura à travailler dans le cadre de ses fonctions), au format .csv ou .xls. Nous travaillerons sur ces données afin de pouvoir répondre plus spécifiquement aux questions ou problématiques rencontrées par chaque participant.

Tarifs

Membre régulier de l’ABQ : 75,00 $ (+TPS 3,75 $ +TVQ 7,48 $ = 86,23 $)

Non-membre : 97,00 $ (+ TPS 4,85 $ + 9,68 $ = 111,53 $)

Membre étudiant, nouveau bachelier, aux études ou retraités : 53,00 $  (+TPS 2,65 $ +TVQ 5,29 $ = 60,94 $)

Étudiant non-membre : 63,00 $ (+TPS 3,15 $ + TVQ 6,28 $ = 72,43 $)

Inscription

Inscription à l’aide du formulaire, paiement en ligne ou par chèque.  Nous vous ferons parvenir le document de la formation par courriel.